Después de 23 años en el exilio, Juan Bosch regresó a su país cuando Trujillo fue asesinado el 30 de mayo de 1961. Su presencia en la vida política nacional, como el candidato presidencial del Partido Revolucionario Dominicano, fue percibida como un cambio por los dominicanos. Su manera de hablar, directa y sencilla, sobre todo al dirigirse a las capas más bajas de la población rural y urbana, le proporcionó una gran simpatía popular.
Aunque fue víctima de una campaña sucia por parte de la Iglesia y los sectores conservadores que lo acusaron de ser comunista, en las elecciones del 20 de diciembre de 1962, Bosch obtuvo un triunfo total sobre su principal opositor Viriato Fiallo de la Unión Cívica Nacional. Fueron las primeras elecciones libres después de la muerte del dictador.
El miércoles 25 de septiembre de 1963, después de solo siete meses en el cargo, Bosch recibió un golpe de Estado encabezado por el coronel Elías Wessin y Wessin y sustituido por una junta militar de tres hombres. Bosch volvió a exiliarse en Puerto Rico.
A menos de dos años, un descontento creciente generó otra rebelión militar el 24 de abril de 1965, que exigía la restauración de Bosch. Los insurgentes estaban al mando del coronel Francisco Alberto Caamaño. El 28 de abril, los Estados Unidos entran a la contienda enviando 42 000 soldados al país.
Se formó un gobierno interino y se fijaron nuevas elecciones para el 1 de julio de 1966. Bosch regresó al país y se lanzó como candidato presidencial de su partido. Sin embargo, hizo una campaña algo menos intensa, temiendo por su seguridad y creyendo que sería expulsado de su cargo por el ejército otra vez si ganaba. Fue derrotado por Joaquín Balaguer, quien obtuvo el 57% de los votos.
Durante la última mitad de la década de 1960, Bosch se marchó al exterior radicándose en España, donde siguió siendo un escritor muy prolífico de ensayos, tanto políticos como históricos. Publicó algunas de sus obras más importantes durante este tiempo: Composición social dominicana, Breve historia de la oligarquía en Santo Domingo, De Cristóbal Colón a Fidel Castro, El Caribe: Frontera imperial y numerosos artículos de diferentes tipos.
En 1970, Bosch tuvo la intención de reorganizar el Partido Revolucionario Dominicano, volviendo a sus miembros militantes activos, estudiosos de la realidad histórica y social del país. Su proyecto no fue aceptado por la mayoría de los perredeistas, debido a que un gran número de sus miembros se inclinaban hacia una dirección más de corriente socialdemócrata. Además, dada la represión militar, y la falta de igualdad política entre el PRD y el Partido Reformista Social Cristiano, Bosch se abstuvo de las elecciones de 1970.
Las diferencias y contradicciones entre Bosch y un sector importante del PRD, así como la corrupción que había empezado a crecer dentro del partido, le hizo abandonar la organización en 1973, y así se fundó el Partido de la Liberación Dominicana (PLD), el 15 de diciembre de ese mismo año.
Más tarde se presentó sin éxito como candidato a la presidencia del PLD en 1978, 1982, 1986, 1990 y 1994, estando más cerca de ganar en 1990, pero hubo graves acusaciones de fraude en contra de Balaguer.
Después de colocarse tercero en las elecciones de 1994, Bosch se retiró de la política. Ya con 85 años y con síntomas evidentes de la enfermedad de Alzheimer. En 1996 fue llevado prácticamente a la consolidación del «Frente Patriótico», una alianza entre el PLD y su permanente opositor Balaguer, como parte del plan de este último a la derrota del PRD en las próximas elecciones presidenciales de ese año.
